值机柜台：

B岛21-32值机柜台：深航（ZH）；

C岛01-32值机柜台：国航（CA）南航（CZ） 海航（HU） 厦航（MF）山航（SC） 川航（3U） 成都航空（EU）云南祥鹏航空（8L）首都航空（JD） 西部航空（PN） 昆明航空（KY） 奥凯航空（BK）西藏航空（TV） 河北航空（NS） 天津航空（GS） 重庆航空（OQ）；

D岛01-20值机柜台：东航（MU）上航（FM)；

D岛21-22值机柜台：春秋航空（9C）；

A岛01-24柜台、B岛01-04值机柜台：汉莎航空（LH）港龙航空（KA）澳门航空（NX）韩亚航空（OZ）香港航空（HX）华信航空（AE）新加坡酷航（TZ）立荣航空（B7）大韩航空（KE）韩国济州航空（LJ） 泰国都市航空（E8）泰国东方航空（OX)；

B岛05-16柜台：东方航空（MU）。

自助值机：

南京禄口国际机场正式开通手机微信值机、网上值机和一证通关服务。手机微信值机和网上值机能满足旅客可以随时、随地挑选座位的需求，尤其是遇到节假日等客流高峰更是可以省去许多时间。