T1航站楼

T1航站楼于1997年7月1日启用，建筑面积13.2万平方米，实行进出港分流；机场货运仓库4.1万平方米，货运仓库库内面积6700平方米，货棚1800平方米，货物处理场地20000平方米，具备特殊货物处理能力；机坪面积44.7万平方米，其中货机坪6.57万平方米。

T1航站楼于2020年7月改造完成，经过改造两个阶段完成之后面积将增加到21万平方米，第一阶段工程投用的约16万平方米；总共有4个值机岛，80节柜台，其中有10节柜台是全自助行李托运。外观造型上，保留了原有的经典扬子江水波浪造型，楼内部则充分结合南京风光，制作了一组夫子庙天下文枢牌坊，充分体现了南京夫子庙牌楼“天下文枢”精髓。

T2航站楼

T2航站楼于2014年7月12日启用，是主楼加长廊的前列式国内、国际综合型航站楼，设计年旅客吞吐量1800万人次，建筑总面积约26万平方米，新增机位51个，自上至下共设有4个楼层，分别为出发层、到达夹层，站坪层和地下机房共同沟层。主楼金属屋面由9个鼓包组成，从中间到两边逐渐递减，为多曲面形式。采用渐变波浪形双曲屋面，金属屋盖使用“大跨度、小曲率、多变化”的结构。

T2航站楼采用前列式办票岛，旅客进入候机楼大厅后，可以直接看到值机柜台。机场还投入更多自助值机设备，方便无托运行李旅客值机。T2航站楼国际国内增加了安检通道数，国际出发联检采用开放模式，先办票交运行李，再进行国际联检，在到达行李提取转盘后增加海关、检验检疫后台查验设备，加快查验速度，提供人性化查验服务。到达夹层设置了旅客中转区，安排了国内中转联程、国内转国际、国际转国内、国际转国际的中转流程，还专门开辟了国际航班国内段过站 旅客流程，为中转旅客提供最大便利。同时，全流程均设有无障碍设施，候机室内，旅客还可以很方便的充电、饮用热水、使用母婴室等。

T2航站楼绿色节能，航站楼顶部共设计了八个大天窗，四壁也多是透明玻璃，日光可以直射进来，晴天无需开灯照明。航站楼还拥有中国机场最大的雨水收集系统，从大屋面收集的雨水经过过滤、消毒等工序，达到生活用水的标准，机场110个洗手间中有一半的冲厕水来自于此。T2航站楼面积是T1航站楼的两倍，能耗却只增加了10%左右。为此，T2航站楼及停车楼先后获得国家“三星级绿色建筑设计标识”和“三星级绿色建筑运行标识”，成为全国首个同时获得两项最高标识的机场。

跑道

有一条长3600米宽45米的跑道、1条3600米宽60米的跑道，2条3600米宽45米的滑行道，脱离跑道6条，70个登机通道，停机位53个。